26 września 2001 r. oraz 27 lutego 2002 r. nastąpiło podwyższenie kapitał zakładowego EC przez KOGENERACJĘ (emisja akcji serii B i C).

10 czerwca 2003 r. Dalkia Termika sprzedała posiadane akcje EC ZG Zespołowi Elektrociepłowni Wrocławskich KOGENERACJA.

8 września 2005 r. zakończono proces zakupu akcji EC ZG przez KOGENERACJĘ od uprawnionych osób, 27 grudnia 2005 r. KOGENERACJA odkupiła również od Skarbu Państwa 132 tys. akcji EC ZG stanowiących 25 % +1 akcję.

1 kwietnia 2009 r., na podstawie art.492 § 1pkt.1 ksh w drodze przeniesienia całego majątku ZEC na EC ZG w zamian za akcje utworzone w podwyższonym kapitale Spółki przejmującej, nastąpiło połączenie Zielonogórskiej Energetyki Cieplnej Sp. z o.o. z EC "Zielona Góra. Na skutek połączenia spółek kapitał zakładowy EC ZG wzrósł o 653 250 zł i wynosi 13 853 150 zł. W związku z podniesieniem kapitału zakładowego wyemitowano 26 130 akcji imiennych, zwykłych serii "D", o wartości nominalnej 25 zł, które objęła KOGENERACJA S.A. oraz Gmina Zielona Góra o Statusie Miejskim.

16 lutego 2012 r., koncern energetyczny EDF zwiększył swój udział w spółkach, nad którymi do tej pory sprawował kontrolę wspólnie z koncernem EnBW, m.in.  w KOGENERACJI SA do 50% + 1 akcja. W związku z tym Elektrociepłownia „Zielona Góra” weszła do Grupy kapitałowej EDF.
 

13 listopada 2017 r.,  koncern EDF sfinalizował sprzedaż swoich aktywów w Polsce na rzecz Polskiej Grupy Energetycznej S.A. (PGE). Tym samym dominującym podmiotem Elektrociepłowni „Zielona Góra” S.A. za pośrednictwem spółki KOGENERACJA S.A. stała się spółka PGE.

Struktura własności 

Struktura własności Elektrociepłowni "Zielona Góra" na 31 maja 2016 r. przedstawia się następująco:
Kapitał zakładowy Elektrociepłowni wynosi 13 853 150 zł i dzieli się na 554 126 akcji, każda o wartości nominalnej 25 zł. Wszystkie akcje Spółki są akcjami zwykłymi imiennymi.

Zespół Elektrociepłowni Wrocławskich KOGENERACJA S.A. posiada 545 277 szt. akcji EC ZG, co stanowi 98,404 % ogółu akcji.
Gmina Zielona Góra o Statusie Miejskim posiada 8 152 sztuk akcji, co stanowi 1,470 % ogółu akcji.

Osoby uprawnione (12 osób) posiadają 697 szt. akcji serii "A", co stanowi 0,126 % ogółu akcji.